Từ trước tới nay việc sử dụng kháng sinh được ứng dụng rộng rãi trong chăn nuôi vì các lợi ích của nó mang lại như chữa bệnh, phòng bệnh và kích thích tăng trưởng. Nhưng việc lạm dụng kháng sinh trong thời gian dài đã gây nên hiện tượng kháng thuốc ở một số vi khuẩn và gây nguy hiểm cho an toàn vật nuôi cũng như sức khỏe con người.
Chất acid hóa (Acid hữu cơ đã được sử dụng trong hơn 50 năm qua nhằm làm giảm sự phát triển của vi khuẩn và nấm trong nguyên liệu và từ đó bảo quản được thức ăn chăn nuôi, trong đó Acid Formic và Propionic là được chứng minh có hiệu quả. Nhưng chúng cũng có tiềm năng để giảm việc sử dụng kháng sinh.
Hệ vi sinh có lợi đường ruột đại diện cho một hệ sinh thái có chọn lọc, đã và đang cùng tiến hóa với vật chủ. Bên cạnh các thành phần của hệ miễn dịch bẩm sinh do cơ thể chế tiết hoặc sản xuất , hệ vi sinh đường ruột cung cấp thêm một lớp phòng ngự nữa trong môi trường đông đúc vi sinh vật nhất của cơ thể.
Mặc dù trẻ hay thú sơ sinh mạnh khỏe đều có một hệ miễn dịch ‘có năng lực đầy đủ’ (competent) để thiết lập một đáp ứng miễn dịch đầy đủ đối với một kháng nguyên lạ hay vacxin. Tuy nhiên, về cơ chế hình thành đáp ứng miễn dịch thì có sự khác biệt rõ rệt giữa thú non và thú trưởng thành, vì ba yếu tố chính.
Balantidium Coli là một loại ký sinh trùng đơn bào đường ruột hay còn được gọi là mao trùng vì nó di chuyển bằng lông, nó gây đau bụng và tiêu chảy trên cả người và động vật có vú trong đó đặc biệt là nó gây bệnh tiêu chảy phân xám trên heo.